Se consideră poluanţi ai apei acele substanţe care în concentraţie suficientă pot produce un efect măsurabil asupra omului,animalelor,plantelor şi materialelor. Substanţele organice de origine naturală sau vegetală consumă oxigenul din apă,atât în timpul dezvoltării,cat şi după moarte. Lipsa oxigenului din apă are ca efect oprirea proceselor aerobe printre care autoepurarea apei. Fenolul este pentru peşti un toxic pentru sistemul nervos,el imprimă gust şi miros neplăcut cărnii peştilor.
Detergenţii se plasează la suprafaţa apei sub formă de spumă şi împiedică autoepurarea apei şi folosirea ei pentru irigaţii.
Pesticidele pot constitui cauza unor boli grave(cancer),tulburări neurologice,afecţiuni ale glandelor endocrine.
În cazul unor accidente ecologice de petrol deversat în apă,datorită faptului că acesta este nemiscibil în apă,cea mai mare parte a lui se ridică la suprafaţă şi formează o peliculă uleioasă,împiedicând difuzia şi accesul aerului atmosferic în mediu acvatic şi blocând aproape total asimilaţia clorofiliană şi respiraţia organismelor. Produsele petroliere dau apei gust şi miros neplăcut,se depun pe diferite instalaţii,obturându-le sau blocându-le,colmatează filtrele pentru tratarea apei. De asemenea,sunt toxice pentru flora şi fauna acvatică şi împiedică folosirea apei pentru irigaţii,agrement etc.